文学院（楚辞研究中心）
历史文化学院（法学院）（张謇研究院挂靠）
数学与统计学院
物理科学与技术学院
马克思主义学院（南通廉政研究中心、江苏省中国特色社会主义理论体系研究中心尊时凯龙·(中国区)人生就是搏!基地（与江苏省习近平新时代中国特色社会主义思想研究中心尊时凯龙·(中国区)人生就是搏!基地合署）挂靠）
商学院（管理学院）（江苏长江经济带研究院合署）
教育科学学院
教师教育学院（与教师教育管理处合署）
外国语学院
化学化工学院
生命科学学院（海洋学院）
机械工程学院
信息科学技术学院（通科微电子学院）
微电子学院（集成电路学院）（半导体器件与集成电路设计封测省高校重点实验室挂靠）
人工智能与计算机学院（阿里云大数据学院）（人工智能研究院合署）
电气与自动化学院
纺织服装学院（高端纺织研究院合署）
医学院（临床技能训练中心挂靠）
护理与康复学院
公共卫生学院
体育科学学院
支云足球学院
艺术学院（建筑学院）
地理科学学院
交通与土木工程学院（交通学院）（交通运输工程研究院挂靠）
药学院
国际教育学院
张謇学院
神经再生重点实验室（与神经科学系、神经再生协同创新中心合署）
特种医学研究院（与航海医学系、航海医学研究所、疼痛医学研究院合署）
智能信息技术研究中心
创新创业教育学院
海洋研究院
锡耶纳未来生物技术学院
